Chuyện xảy ra sau sự kiện Minh Trị Duy Tân, tại Otsu, Shiga, Nhật Bản. Orochi là một con rắn khổng lồ có siêu năng lực. Cứ 300 năm, nó lại thức dậy và mang thảm họa cho dân làng. Năm nay, chính là năm Orochi thức giấc. Nhà Kumo family có 3 người con: Tenka, Soramaru và Chutaro. 3 anh em định ngăn chặn Orochi, lực lượng đặc biệt Yamainu cố gắng phong ấn lại sức mạnh của Orochi để mang lại hòa bình cho Nhật Bản, nhưng nhóm ninja Anyaku từ Fuma lại bắt đầu tập hợp năng lượng của Orochi nhằm lật đô chính quyền.
