Sau các nhân vật mới Shinn Asuka , một người lính từ ZAFT, bao gồm con người sinh ra gen tăng cường nhãn là Điều phối viên. Như ZAFT là về để nhập vào một cuộc chiến tranh chống lại loài người thường, Naturals, hàng loạt tập trung vào của Shinn cũng như sự tham gia trở lại của nhiều nhân vật ‘trong chiến tranh.
